Hasta el siglo XVIII, este templo, con tres naves desde el terremoto de 1356, llegaba hasta la actual capilla de la Hermandad del Nazareno, por aquel entonces, capilla bautismal.
A partir de mediados de ese siglo y, coincidiendo con el terremoto de Lisboa de 1755, la iglesia se amplía hasta los límites actuales y se le añade el Sagrario y esta capilla bautismal, que es de planta rectangular y cubierta con bóveda de cañón con impostas.
En cuanto a la pila, se cree que estuvo en la ermita más antigua de Gibraleón, San Salvador, de origen visigodo. Posteriormente, en el declive de dicha ermita, Francisco III, marqués de Gibraleón se la lleva al patio de su palacio para conformar una fuente y, definitivamente, termina en el baptisterio de esta iglesia.
Otra teoría es que podría haber pertenecido a la capilla visigoda que había en este lugar, que posteriormente los árabes convirtieron en mezquita y la usaron como “fuente de abluciones”, para convertirse definitivamente en pila bautismal cuando se construyó la iglesia a finales del siglo XIII y principios del XIV.
Elementos paleocristianos que contiene: crismón, cruz griega, pez, luna, herradura, candelabro 5 brazos, flor de lis, …).
Un detalle curioso a resaltar es que la actual cancela de esta capilla procede de la del antiguo cementerio, cuando éste desaparece en los años veinte del siglo pasado. Como no se ha encontrado aún la respuesta, podemos pensar que, o bien carecía de ella desde su construcción a mediados del siglo XVIII, o bien se cambió la que tenía por deterioro.
Esta cancela ha sido reparada en 2024.